骑士搬运:植物科学常用数据库和生物信息学工具


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综合性数据库

  • 作物基因组、遗传和育种研究的分析计算工具和数据库——http://www.bioinfo.wsu.edu/
  • 农业生物数据库和相关资源综合平台——https://www.agbiodata.org/
  • 植物比较基因组学资源库——https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html
  • 集成植物基因组学、表型和遗传学数据的共享型平台——http://www.plantontology.org
  • 作物EST序列及相关分子信息数据平台——http://harvest.ucr.edu/
  • Gramene:用于作物和模式物种的比较功能基因组学分析的综合平台——http://www.gramene.org/
  • 蛋白质序列和功能信息资源数据库和分析平台——https://www.uniprot.org/
  • URGI:针对有农学意义的植物研究生物信息平台——http://urgi.versailles.inra.fr/
  • agriGO:GO分析工具包和数据库综合平台——http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/index.php#
  • 基于Web的用于表达定量性状位点(eQTL)研究的工作台和数据库——http://www.bioinformatics.nl/AraQTL
  • 植物基因组序列数据库——http://www.plantgdb.org/
  • 二代测序(NGS)数据库,包括植物的RNA和基因组信息资源——https://mpss.danforthcenter.org/index.php
  • 植物基因组数据库——http://pgsb.helmholtz-muenchen.de/plant/plantsdb.jsp
  • 植物snoRNA基因数据库——http://bioinf.scri.sari.ac.uk/cgi-bin/plant_snorna/home
  • 植物顺式调控元件、增强子和抑制子数据库——http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/
  • 作物代谢途径数据库——http://metacrop.ipk-gatersleben.de
  • 植物器官研究数据库——http://podb.nibb.ac.jp/Organellome
  • 植物细胞的信号转导分析数据库—— http://www.drastic.org.uk
  • 植物-病原体相互作用的信号转导相关物质成分数据库——http://www.pathoplant.de
  • 植物转录因子数据库——http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/
  • 植物转录因子数据库——http://plntfdb.bio.uni-potsdam.de/v3.0/
  • 作物EST数据库——https://apex.ipk-gatersleben.de/apex/f?p=116:1
  • 植物顺式调控DNA元件数据库——https://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/?action=newplace
  • 植物线粒体蛋白运输元件数据库——https://webapps.plantenergy.uwa.edu.au/applications/mpic/
  • 生物microRNA数据库——http://www.mirbase.org/
  • FAT-PTM:用于分析蛋白质和代谢途径的翻译后修饰数据库——https://bioinformatics.cse.unr.edu/fat-ptm
  • 谷物特别是水稻和玉米的小RNA数据库——http://sundarlab.ucdavis.edu/smrnas/
  • 拟南芥和玉米蛋白质组数据库——http://ppdb.tc.cornell.edu/default.aspx
  • ATTED-II :基于互秩指数统计特性的植物共表达数据库——http://atted.jp/
  • 植物Circular RNAs数据库——http://ibi.zju.edu.cn/plantcircbase/
  • 植物基因编辑数据库,收集CRISPR / Cas9技术产生植物的信息——http://plantcrispr.org/cgi-bin/crispr/index.cgi
  • 植物性状全球数据库——https://www.try-db.org/TryWeb/Home.php
  • 植物基因和基因组重复的数据库——http://chibba.agtec.uga.edu/duplication/
  • 植物microRNA数据库——http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/
  • 植物相关微生物的多基因座序列分型和分析数据库及网站——http://genome.ppws.vt.edu/cgi-bin/MLST/home.pl
  • 植物非编码RNA数据库——http://structuralbiology.cau.edu.cn/PNRD
  • 植物长非编码RNA数据库——http://amp.pharm.mssm.edu/datasets2tools/landing/tool/PLncDB
  • 植物抗病R基因数据库——http://prgdb.org/prgdb/
  • 拟南芥和一些非模式植物的功能基因网络改进数据库——https://www.inetbio.org/aranet/
  • 基于Wiki的植物长非编码RNAs数据库——http://greenc.sciencedesigners.com/wiki/Main_Page
  • 植物启动子数据库——http://ppdb.agr.gifu-u.ac.jp/ppdb/cgi-bin/index.cgi
  • 拟南芥数据库

  • 拟南芥cDNA、突变体和微阵列数据库——http://rarge.gsc.riken.jp/
  • 拟南芥的全基因组范围的假定的转录因子结合位点数据库——http://www.athamap.de/
  • 拟南芥的基于侧翼序列标签(FST)的T-DNA插入突变体查找库——https://www.gabi-kat.de/
  • 拟南芥质体蛋白数据库——http://www.plprot.ethz.ch/
  • 拟南芥发育关键基因数据库——http://seedgenes.org/
  • 拟南芥蛋白的亚细胞定位数据库——http://suba.live/
  • 基于RNA-seq分析的拟南芥基因表达谱数据库——http://travadb.org/
  • 拟南芥转录调控图谱数据库——http://atrm.cbi.pku.edu.cn/
  • 拟南芥根部单细胞RNA测序数据库——http://wanglab.sippe.ac.cn/rootatlas/
  • 水稻数据库

  • 国家水稻数据中心——http://www.ricedata.cn/index.htm
  • BGI-RIS:水稻以及其他谷类作物和植物基因组研究的信息资源和分析平台——https://omictools.com/bgi-ris-tool
  • RAP粳稻日本晴基因组注释计划——http://rapdb.dna.affrc.go.jp/
  • 粳稻日本晴基因组注释计划——http://rice.plantbiology.msu.edu/
  • 水稻EST数据库——http://redb.ncpgr.cn/
  • 水稻突变体数据库——http://rmd.ncpgr.cn/
  • 水稻功能基因组表达数据库——http://signal.salk.edu/cgi-bin/RiceGE
  • 水稻逆转座子Tos17插入突变数据库——https://tos.nias.affrc.go.jp/
  • 水稻T-DNA插入突变数据库——http://urgi.versailles.inra.fr/OryzaTagLine/
  • 籼稻cDNA数据库——http://server.ncgr.ac.cn/ricd/
  • 水稻遗传学和基因组学数据库——https://shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/
  • 水稻基因共表达数据库——https://ricefrend.dna.affrc.go.jp/
  • 水稻糖基转移酶数据库——https://ricephylogenomics.ucdavis.edu/cellwalls/gt/
  • 籼稻基因组的综合生物信息学平台——http://rice.hzau.edu.cn/rice/
  • 其他作物数据库

  • 小麦基因组信息数据库——http://www.wheatgenome.org/
  • 小麦蛋白质组数据库——https://wheatproteome.org/
  • 小麦族和燕麦属的分子和表型信息数据库——http://wheat.pw.usda.gov
  • 大麦种质资源和基因组分析数据——http://earth.nig.ac.jp/~dclust/cgi-bin/index.cgi
  • 大麦基因组资源平台——https://apex.ipk-gatersleben.de/apex/f?p=284:10::::::
  • 玉米基因组数据库——http://maize.jcvi.org/
  • 玉米基因组和遗传分析平台——https://www.maizegdb.org/
  • 玉米及其野生近缘种的基因组工程资源库——https://www.panzea.org/
  • 大豆基因组学和分子生物学数据库——https://soybase.org/
  • 大豆蛋白质组数据库——http://proteome.dc.affrc.go.jp/cgi-bin/2d/2d.cgi
  • 国际豆科植物数据库和信息服务——http://www.ildis.org/LegumeWeb/
  • 棉花基因组学,遗传学和育种数据库——https://www.cottongen.org/
  • 番茄功能基因组数据库——http://ted.bti.cornell.edu/
  • 番茄的复杂性状挖掘的全基因组协同网络平台——https://www.inetbio.org/tomatonet/
  • 茄科物种基因组测序数据库——https://solgenomics.net/
  • 管理热带作物的遗传和基因组信息的数据库——http://tropgenedb.cirad.fr/
  • 药用植物基因组和代谢组资源库——http://medicinalplantgenomics.msu.edu/participants.shtml
  • 马铃薯生物信息数据库——http://gabipd.org/projects/Pomamo/
  • 葡萄育种和遗传信息综合数据库——http://vitisgdb.ynau.edu.cn/
  • 谷子功能基因组学数据库——http://structuralbiology.cau.edu.cn/SIFGD/
  • 辣椒基因组信息数据库——http://pepperhub.hzau.edu.cn/pegnm/
  • 面包小麦的全基因组规模功能基因网络数据库——https://www.inetbio.org/wheatnet/
  • 重要芸苔属作物全基因组规模的遗传数据库——http://brassicadb.org/brad/
  • 生物信息学工具

  • TargetP:亚细胞定位/N端功能肽预测——http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/
  • EasyGo:提供一系列待查基因的功能注释以及微阵列探针信息——http://bioinformatics.cau.edu.cn/easygo/
  • SMART:蛋白保守结构域预测工具——http://smart.embl-heidelberg.de/
  • GenAlEx:群体遗传分析软件——http://biology-assets.anu.edu.au/GenAlEx/Welcome.html
  • MapMan:适用于多组学数据分析的蛋白质分类和注释框架——https://mapman.gabipd.org/mapman-download/
  • GENEVESTIGATOR: 转录组数据挖掘比对云平台——https://genevestigator.com/
  • BAR:植物生物学分析工具平台——http://www.bar.utoronto.ca/welcome.htm
  • CRISPR-GE: 用于CRISPR基因组编辑的便捷软件工具包——http://skl.scau.edu.cn/
  • CRISPR-P: 用于植物基因组编辑的改进的CRISPR / Cas9工具包——http://crispr.hzau.edu.cn/CRISPR2/
  • ACT:拟南芥共表达分析工具——https://www.michalopoulos.net/act/
  • OryGenesDB:用于水稻反向遗传学研究的交互式工具——http://orygenesdb.cirad.fr/
  • T-DNA Express:拟南芥基因定位工具——http://signal.salk.edu/cgi-bin/tdnaexpress
  • pssRNAit: 通过全基因组脱靶基因评估设计有效和特异性的植物RNAi siRNA——http://plantgrn.noble.org/pssRNAit/
  • DSDecode:基于Web的用于对目标突变基因型的序列色谱图进行解码的工具——http://skl.scau.edu.cn/dsdecode/
  • STAG-CNS:一种可用于任意数量物种的顺序保守非编码序列发现工具——https://github.com/srbehera11/stag-cns
  • FED:基因组编辑外源成分检测平台——http://www.hi-tom.net/FED
  • GeneCloud:使用语义技术来扫描特定基因列表的基因描述——https://m2sb.org/
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    在目前科技高速发展的背景下,众多海归人员毅然决定彻底地回到阔别多年的祖国,以巨大的热情投入到这场新形势下的发展中去,且在众多科研领域作出突出成绩,禾骑士研究院目前在全世界有多个组成部分,如中国科学院-英国约翰英纳斯、中剑约中心科研机构等,同时欢迎越来越多的团队或个人的加入! 查看更多


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